此前，癌癥基因組聯盟（International Cancer Genome Consortium）向科學界公布了超過1萬個癌癥基因組的數據，利用這些數據科學家們就能夠更好地從基因方面入手來了解癌癥的發生及進展機制，這就為后期研究人員開發治療多種癌癥的新型靶向療法提供了新的思路。

近年來，科學家們一直在深入進行癌癥基因組學等相關研究，他們希望通過深入剖析能夠鑒別出引發癌癥的根本原因，那么如今在癌癥基因組學相關領域的研究中研究人員都得了哪些成果呢？本文中小編對此進行了整理，分享給各位！

【1】PLoS Med：癌癥基因組的延續：三陰性乳腺癌和癌癥免疫療法

doi：10.1371/journal.pmed.1002193

近日，一項刊登于雜志PLoS Medicine上的研究報告中，來自耶魯大學的研究人員通過研究描述了三陰性乳腺癌的一種新亞型，相比其它難以治療的疾病而言，這種類型的乳腺癌可能更容易進行治療。

之所以稱之為三陰性乳腺癌是因為這種乳腺癌缺少了一些和靶向性療法反應相關的分子特性，文章中，研究者Hatzis及其同事對那些對細胞毒性化療方法反應敏感性較好或較差的患者進行研究，對來自患者機體的腫瘤進行分析，同時研究者還通過全外顯子組測序技術對29個病例進行研究，并且在后期患者的研究中證實了他們的研究結果。

研究者指出，攜帶新鑒別出的BRCA缺失的亞型患者往往會因為化療而變得生存較好，但患者同時會承擔高負擔的突變以及新抗原的產生，而這些都會被免疫系統靶向作用，基于相關的研究發現，研究者表示，免疫療法或許都能在BRCA缺失的三陰性乳腺癌患者機體中進行試驗。

【2】Cell：全面解析大規模癌癥基因組

doi：10.1016/j.cell.2014.09.050

來自癌癥基因組圖譜研究網絡(The Cancer Genome Atlas Research Network， TCGA)的研究人員針對甲狀腺癌（thyroid cancer）進行了綜合分析，鑒別出了一些侵襲性腫瘤的標記物，這有可能為給予個別患者適當的治療方法提供了更好的靶點。

研究結果表明，有可能可以基于一些遺傳標記物將這一疾病進行重新分類，推動甲狀腺癌更多地受益于施藥。

“對于甲狀腺癌基因組景觀的這一認識將改進它的分類，改善分子診斷。這將幫助我們將那些需要積極治療的患者與腫瘤不太可能會生長或擴散的患者區分開來，”密歇根大學醫學院病理學教授Thomas J. Giordano博士說。

【3】Nature：揭示癌癥基因組啟動子突變數量顯著增加機制

doi：10.1038/nature17437

在一項新的研究中，來自澳大利亞新南威爾士大學（UNSW）的研究人員發現DNA修復在我們的基因組的重要區域受到損傷，從而對人體修復DNA損傷的能力提供新的認識。

修復諸如紫外線輻射和香煙煙霧之類的能夠導致突變的環境因素對DNA造成的損傷是阻止我們的細胞發生癌變的一種基本過程。

在這項研究中，研究人員分析了來自14種癌癥類型的1161種腫瘤樣品的2千萬多個DNA突變。他們發現在許多癌癥類型中，尤其是皮膚癌，發生在被稱作“基因啟動子”的基因組區域中的DNA突變數量特別高。重要的是，這些DNA序列控制著基因如何表達，而這又會決定細胞的類型和功能。相關研究結果于2016年4月13日在線發表在Nature期刊上，論文標題為“Differential DNA repair underlies mutation hotspots at active promoters in cancer genomes”。

【4】Nature：癌前基因組圖譜計劃或將開啟 科學家將實現對腫瘤實時追蹤

新聞閱讀：Hunt for cancer 'tipping point' heats up

目前對成千上萬個癌癥基因組測序的數據庫正在不斷膨脹，有些科學家就認為，我們應當將目光轉移到研究“青春期”時期腫瘤的DNA，即在腫瘤癌變之前對其進行深入研究。近日在華盛頓舉辦的美國癌癥研究協會年度會議（AACR）上，研究人員就討論了如何對癌變前期病變組織的基因組進行測序，而這些組織的異常生長有時就會進展成為成熟的癌癥，相關研究結果就能夠幫助研究人員確定合適的治療方法，并且幫助開發一些新型療法來阻斷癌癥發生惡性病變。

來自約翰霍普金斯大學的研究人員Elizabeth Jaffee表示，這項研究計劃已經列入到了未來癌癥研究計劃清單幾乎zui頂端的位置上了，這也是我們開始對癌癥研究領域進行*研究的一項計劃。當然這個想法還是下一個癌癥“大科學”研究項目中的一個計劃，同時該計劃還能夠借鑒癌癥基因組圖譜計劃的研究策略。

但這種新型的癌前基因組圖譜計劃將會隨著時間推移對癌癥的進展進行研究，從理論上來講其包含了相同腫瘤組織發展過程中的多個“快照”信息，研究人員也能夠以此來確定什么樣的改變會使得腫瘤越過臨界點而惡性發展。

【5】Nature：揭示出胰腺神經內分泌腫瘤的全基因組圖譜

doi：10.1038/nature21063

在一項新的研究中，來自意大利、英國、澳大利亞、中國和美國的研究人員揭示出正常情形下與乳腺癌、結腸癌和卵巢癌相關聯的基因變化也能夠促進一種罕見的胰腺癌產生。相關研究結果于2017年2月15日在線發表在Nature期刊上，論文標題為“Whole-genome landscape of pancreatic neuroendocrine tumours”。

這些研究人員發現每5名胰腺神經內分泌腫瘤（pancreatic neuroendocrine tumour， PanNET）病人就多達1人具有明顯的癌癥遺傳易患性，即便這些患者沒有這種疾病的家族史。

這些發現有望讓人們有朝一日能夠鑒定出有風險患上這種癌癥的人、有風險患上這種疾病惡性形式的人，以及哪些人可能對當前的或新的靶向療法作出反應。

【6】Nat Commun：全基因組關聯性研究或助力前列腺癌PSA篩查技術重奪“霸主”地位

doi：10.1038/ncomms14248

來自加州大學舊金山分校和凱薩醫療機構的研究人員近日通過研究在健康男性機體中鑒別出了正常前列腺特異抗原（PSA）水平的遺傳預測子，相關研究刊登于雜志Nature Communications上，該研究或能幫助改善基于PSA的前列腺癌篩查測試技術的準確性。

zui近，被認為能夠作為癌癥早期檢測*的前列腺癌篩查PSA檢測技術能夠改善前列腺癌患者的預后，但在過去5年里，一系列研究表明，PSA檢測技術似乎靈敏度不夠，頻繁的假陽性結果往往會導致過多不必要的醫療程序，而且假陰性結果也會給男性一種虛假的安全感；2012年，PSA檢測技術被美國預防工作小組評為D級，而且這種檢測手段也不再被一些保險公司所覆蓋。

研究者John Witte博士指出，在過去幾年里，PSA篩查越來越不再流行了，而且該技術的使用率不斷下降，前列腺癌患者診斷的數量也開始下降；讓很多人不安的是，被診斷的部分患者還會在后期階段進行疾病診斷，從而就使得患者不再可能進行成功治療了。當前PSA測試的一個主要問題就是對男性機體中產生的不同水平的蛋白質進行一刀切的方法來進行檢測；本文研究中，研究人員利用新型的全基因組關聯性研究對此進行分析，結果表明，通過重新考慮影響不同男性產生PSA水平的遺傳突變，或許就能夠使得PSA測試重新獲得其在癌癥預防領域的地位。

【7】Nature：鑒定出宮頸癌的新的基因組特征

doi： 10.1038/nature21386

在一項新的研究中，來自癌癥基因組圖譜研究網絡（The Cancer Genome Atlas Research Network， TCGA）的研究人員鑒定出宮頸癌的新的基因組特征和分子特征。這將有助于對這種疾病進行分型，并且可能有助開發出每名宮頸癌病人的靶向療法。他們對178種原發性宮頸癌的基因組進行完整的分析，結果發現70%以上的宮頸瘤在一到兩種重要的細胞信號通路中發生基因組變化。令人意外的是，他們也發現一小部分宮頸瘤并不表現出人乳頭瘤病毒（HPV）感染的證據。相關研究結果于2017年1月23日在線發表在Nature期刊上，論文標題為“Integrated genomic and molecular characterization of cervical cancer”。

在*，每年有50多萬新發宮頸癌病例和25多萬宮頸癌死亡病例。美國國家癌癥研究所代理主任Douglas Lowy博士說，“絕大多數宮頸癌病例是由致癌性HPV持續感染所導致的。多年來，已有有效地抵抗大多數致癌性HPV類型的預防性疫苗面世，接種它們有長期的潛力來降低宮頸癌病例數量。”

Lowy博士注意到，“然而，大多數在未來的幾十年內患上宮頸癌的女性已超過推薦進行接種疫苗的年齡，因而將不會獲得這種疫苗的保護。因此，宮頸癌仍然是一種急需有效療法的疾病，而且除了HPV的基因之外，這項的TCGA分析可能有助在發現靶向宮頸癌基因組的重要序列元件的藥物中取得突破性進展。”

【8】Nat Med：利用CRISPR-Cas9進行全基因組篩選找到胰腺腫瘤弱點

doi：10.1038/nm.4219

在科學家們建立了CRISPR-Cas9基因編輯技術之后，該技術得到了廣泛利用。一些研究利用CRISPR-Cas9基因編輯工具進行基因篩選，在癌細胞內找到了一些可以用于開發潛在治療方法的基因弱點。

zui近，來自加拿大多倫多大學的研究人員在RNF43突變的胰腺導管腺癌（PDAC）細胞中進行了全基因組范圍的CRISPR-Cas9篩選，并找到了可以用于治療該類型癌癥的潛在抗體藥物。這種類型的PDAC依賴Wnt信號進行增殖。

在這項研究中，研究人員通過篩選發現一個有FZD5參與的Wnt信號通路對于攜帶RNF突變的PDAC細胞的增殖有重要作用，FZD5是人類基因組編碼的10個Frizzled受體中的一個。研究結果表明該Wnt受體的表達水平存在背景依賴性特征。研究人員利用一組重組抗體檢測FZD蛋白的表達，證實FZD5的功能特征無法通過蛋白表達情況來解釋。

【9】Nature多篇亮點研究揭示膀胱腫瘤基因組突變中DNA修復及損傷的關鍵角色

doi：10.1038/nature12965

在過去幾十年里，*的科學家們都在對癌細胞的基因組進行解析，試圖揭開驅動腫瘤生長的基因密碼；隨著對成千上萬個在腫瘤細胞DNA中積累的基因突變進行分析，研究人員如今發現的致癌基因的數量越來越多了；近日科學家們就將研究目光轉移到了其它關鍵問題上，即什么樣的生物學過程會引發DNA發生突變？

來自麻省總醫院的研究者Gad Getz說道，我們在患者腫瘤中發現的突變是一種融合形式，即是細胞中多個不同過程下來的基因“遺骸”，我們并不知道什么過程是預先發生的，但利用復雜的計算機模型，我們就揭開了其中的機制，同時揭示了不同癌癥發生的生物學機制，以及如何有效治療癌癥。

發表在Nature Genetics雜志上的一篇研究報告中，研究者Getz及其同事報道了他們對大約300個尿路上皮腫瘤的深度分析結果，尿路上皮腫瘤是一種膀胱癌，其每年影響著接近15萬人的健康；文章中研究者揭示了一種已知DNA修復過程—核苷切除修復的新型角色，同時研究者還闡明了煙草在癌癥發生中的基因組證據。

【10】PNAS：癌癥基因組的“暗物質”或可誘發機體免疫反應

doi：10.1073/pnas.1517584112

近日，一項刊登在雜志Proceedings of the National Academy of Sciences上的研究論文中，來自美國西奈山伊坎醫學院(Icahn School of Medicine)的研究人員通過研究發現，癌細胞中的一類非編碼RNA分子可以刺激引發機體免疫反應，這類非編碼RNA分子具有和病原體類似的特性，由于其在癌癥中可以表達并被放大，因此機體中所產生免疫反應或許就會影響癌癥的發展。

這項研究開始于對基因組中暗物質的研究，基因組的暗物質是一類衛星DNA，其可以產生大量的非編碼RNA（ncRNA），這類RNA分子并不會產生蛋白質，但卻具有重要的調節作用；Benjamin Greenbaum博士指出，我們在人類和小鼠的癌細胞中發現了大量的ncRNAs，這些RNA分子存在于機體的垃圾DNA區域，在過去5年里，科學家們慢慢開始研究發現ncRNAs或許也具有重要的作用。

癌癥似乎可以利用這些ncRNAs來刺激機體免疫反應，從而促進腫瘤的生長和生存，但研究者目前并不知道ncRNAs的具體功能；未來研究中或許會對這類分子進行定義，認為其可以幫助癌癥發展，當然ncRNAs分子也可以被靶向作用來抑制其它分子或者利用ncRNAs作為標志物來理解癌癥的進展。